红凤菜叶绿体全基因组特征及其序列比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵夏云

作者： 赵夏云;瞿飞;杨静;周麟笔;刘炼;文林宏

作者机构：

关键词： 红凤菜;叶绿体基因组;系统发育分析

期刊名称： 种子

ISSN： 1001-4705

年卷期： 2024 年 43 卷 011 期

页码： 33-41,48

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了更好地了解红凤菜叶绿体基因组(cpDNA)特征及其进化关系，本研究对红凤菜cpDNA进行了测序、组装和注释，并与近缘种进行比较分析。结果表明，红凤菜cpDNA全长为150 929 bp,总GC含量为37.18%,包含一个大单拷贝区(LSC,83 112 bp)、一个小单拷贝区(SSC,18 127 bp)以及两个反向重复区(IRa/IRb, 24 845 bp)。cpDNA共注释到131个功能基因，其中86个为蛋白编码基因，37个为tRNA基因，8个为rRNA基因；共鉴定出58个SSRs位点，其碱基组成以A-T类型为主。RSCU分析表明，红凤菜cpDNA明显偏好使用以A/T结尾的密码子。基因组比较分析显示，4种菊三七属植物cpDNA在结构和组成上非常保守，变异主要集中在LSC区和SSC区。系统发育分析表明，野茼蒿属与菊三七属亲缘关系最近；菊三七属种间，白子菜、狗头七与红凤菜亲缘关系最近。

分类号： S647

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