广西壮瑶药瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系建立及引物筛选

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张尚文

作者： 张尚文;杨天为;黄诗宇;李婷;高曼熔;何龙飞;张向军

作者机构：

关键词： 瘤果紫玉盘;SCoT-PCR;反应体系优化;引物筛选;遗传多样性

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2023 年 006 期

页码： 1646-1655

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】建立瘤果紫玉盘SCoT-PCR最佳反应体系，并筛选出适宜的SCoT引物，为瘤果紫玉盘种质鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析提供理论参考。【方法】以广西河池、百色、柳州、南宁4份瘤果紫玉盘野生种质为试材，通过单因素试验和正交试验对瘤果紫玉盘SCoT-PCR反应体系的DNA模板用量、引物用量和Mix预混液用量3个因素进行优化，并使用优化后最佳反应体系进行SCoT引物筛选。最后将SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的引物用于瘤果紫玉盘种质的遗传多样性分析。【结果】单因素试验结果显示，DNA模板用量为40～70 ng，引物（10μmoL/L）用量为1.0～1.4μL,Mix预混液用量为9.0～12.0μL范围内扩增效果较好，通过L16（4~3）正交试验确定瘤果紫玉盘的SCoT-PCR最佳反应体系20.0μL:DNA模板（40 ng/μL）1.0μL，引物（10μmoL/L）1.2μL,Mix预混液10.0μL,7.8μL ddH2O。利用最佳反应体系筛选出26条适用于瘤果紫玉盘的SCoT引物，并确定了各引物最适的退火温度。26条SCoT引物在4份瘤果紫玉盘材料中共扩增出305个基因位点，其中多态性位点204个，多态性比率为66.89%，平均每条引物扩增出11.7个基因位点，有8.7个多态性位点。4份瘤果紫玉盘种质的平均等位基因数（Na）为1.7377，平均有效等位基因数（Ne）为1.5344,Nei’s基因多样性指数（H′）为0.3053,Shannon指数（I）为0.4449。4份瘤果紫玉盘间的遗传相似系数为0.5443～0.6492，遗传距离为0.4320～0.6083，说明4份瘤果紫玉盘种质间存在较大的遗传变异，遗传多样性水平较高。【结论】建立的SCoT-PCR最佳反应体系和筛选出的26条SCoT标记引物扩增效果较好，可用于瘤果紫玉盘种质资源的鉴定分类、亲缘关系分析和遗传多样性分析。

分类号： S567.19

  • 相关文献

[1]葛根SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选. 严华兵,曹升,张尚文,谢向誉,王艳,欧昆鹏. 2018

[2]药食同源蔬菜赤苍藤SCoT分子标记体系的优化及引物筛选. 杨天为,黄诗宇,张尚文,高曼熔,张向军,李婷,庾韦花,蒙平,石前. 2023

[3]部分柿属植物TRAP标记反应体系的建立与引物筛选. 罗纯,吴迪,张青林,罗正荣. 2014

[4]早熟马铃薯ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选. 谭冠宁,何虎翼,何新民,王晖,李丽淑,唐洲萍. 2015

[5]光萼荷属植物SRAP-PCR反应体系建立与引物筛选. 张飞,王炜勇,张智,葛亚英,沈福泉,郁永明. 2012

[6]铁线莲属植物ISSR-P CR反应体系优化及遗传多样性分析. 余伟军,姚红,孙瑞琦,王桂青,钟淮钦,黄敏玲,曾黎辉. 2019

[7]适于甜菜遗传多样性分析的SSR引物筛选. 赵尚敏,白晨,张惠忠,牛素清,李晓东,付增娟,轩继雨,李树生. 2009

[8]枸杞ISSR-PCR反应体系优化与遗传多样性研究. 赵孟良,任钢,李屹,任鹏鸿,钟启文. 2018

[9]广西瘤果紫玉盘种质资源调查、收集与繁育. 张尚文,杨天为,黄诗宇,李婷,高曼熔,田姗姗,何龙飞,张向军. 2023

[10]蛋黄果SCoT-PCR反应体系的建立与优化. 周彩霞,李文砚,卢美瑛,周之珞,颜桢灵,韦雪英,卓福昌,韦优,周婧. 2024

[11]转基因小麦的PCR快速检测. 孟超敏,张晓东,陈天佑. 2005

[12]褐飞虱SRAP-PCR体系的优化与确立. 荆胜利,何光存,江磊,李刚,刘虹,覃瑞. 2014

[13]海南特有极小种群植物文昌锥的SCoT-PCR体系建立及有效引物评价. 杨立荣,孙秀秀,陈加利,云勇,陈宣,郑道君. 2020

[14]长果种黄麻DNA的提取及SRAP分子标记体系的建立. 陈晖,陈美霞,陈艳萍,危成林,廖英明,陈富成,陶爱芬,徐建堂,祁建民. 2011

[15]海南雷公笋的SCoT-PCR体系优化及有效引物筛选. 孙秀秀,王春梅,陈加利,夏腾飞,冯依欣,郑道君. 2024

[16]茄子PARMS反应体系的建立与优化. 肖熙鸥,赵秋芳,林文秋,欧雄常,冯恩友,莫定鸣. 2021

[17]菊花SSR-PCR反应体系的建立和优化. 李亚慧,黄丛林,董然. 2012

[18]光萼荷属植物SSR反应体系确立与指纹图谱构建. 张飞,王炜勇,张智,田丹青,刘建新,刘晓静. 2012

[19]大白菜KASP反应体系的优化与建立. 杨双娟,原玉香,魏小春,王志勇,赵艳艳,姚秋菊,张晓伟. 2018

[20]朱顶红SRAP-PCR反应体系的建立和优化. 孙翊,张永春,殷丽青,杨柳燕,李心,费如桂. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序