香蕉根系转录组SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王静毅

作者： 王静毅;刘菊华;王卓;金志强;徐碧玉

作者机构：

关键词： 香蕉;根系;转录组;SSR位点信息

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2019 年 028 期

页码： 38-43

收录情况： CSCD

摘要： 旨在为开发新的香蕉功能基因相关的且多态性良好的SSR标记提供依据.利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索,并设计SSR引物,分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息.从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元.香蕉根系转录组中,二、三核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%.SSR重复次数以5~9次为主,基序长度主要分布于12~20 bp,平均长度为18.80 bp.香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能.

分类号： S668.1

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