蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张庆田

作者： 张庆田;李晓艳;杨义明;范书田;艾军

作者机构：

关键词： 蓝靛果忍冬;SSR;转录组;多态性

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2016 年 43 卷 03 期

页码： 557-563

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用MISA软件筛选蓝靛果忍冬(Lonicera caerulea L.)转录组测序获得的45 656条Unigene,共检测出14 841个SSR位点,分布于11 251条Unigene中,出现频率为32.51%,平均分布距离为2.58 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的34.81%,42.79%和20.64%。二核苷酸重复基元中以AG/CT为优势重复基元,占总位点27.2%,三核苷酸重复基元以AAG/CTT为主,占6.18%。利用Primer 3.0共设计出21 867对SSR引物。随机选择20对引物进行PCR扩增,其中8对扩增出清晰可重复的条带,5对在16个蓝靛果忍冬材料中表现出多态性。利用UPGMA作图,将16份供试材料分为3类。丰富的SSR多态性为蓝靛果忍冬遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。

分类号： S663.9

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