茶树EST-SSRs分布特征及引物开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王丽鸳

作者： 王丽鸳;姜燕华;段云裳;成浩;周健;曾建明

作者机构：

关键词： 茶树;EST-SSRs;分子标记;多态性

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2009 年 10 卷 04 期

页码： 511-516

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了在茶树中开发EST-SSR s功能性标记,利用生物信息学方法对NCB I网上公开的3288条茶树(Cam ellia sinensis)ESTs序列进行EST-SSR s特征分析。剔除冗余序列,得到非冗余序列2083条。在非冗余序列中发现含不同重复基元SSR s的EST序列有385条,共486个EST-SSR s,平均相隔2.10 kb出现1个SSR。在2~6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元的SSR s出现频率最高(51.97%),其次是三核苷酸(19.55%)。对所有的重复基元类型进行统计分析发现,所占比例最高的是AG/CT(47.74%),其次分别是AT/TA(4.73%)和AAG/CTT(4.73%)。利用Prim e 5软件,设计了206对EST-SSR s引物,随机选用72对引物进行SSR扩增,发现31对引物可以扩增出条带,其中29对引物具有多态性,多态性比率为93.5%。这些EST-SSR s将有助于茶树基因组学方面的研究。

分类号： S571.1

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