基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 韩威

作者： 韩威;朱云芬;殷建玫;李国辉;薛倩;张会永;沈海玉;苏一军;窦新红;王克华;邹剑敏

作者机构：

关键词： 地方鸡种;RAD-seq;遗传进化;选择信号

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2020 年 004 期

页码： 670-678

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因.本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因.结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记.瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度(Pi)分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis>0.160 0).瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst<0.100 0),对应的基因流最高(Nm>0.240 0).河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.200 0、Nm<1.000 0.遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合.通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因.这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程.利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造.

分类号： S831.2

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