加州鲈弹状病毒三水株全基因组序列测定及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘慧芳

作者： 刘慧芳;张莉娟;李宁求;梁红茹;林强;刘礼辉;牛银杰;付小哲

作者机构：

关键词： 鱼类弹状病毒;弱毒株;加州鲈;全基因组序列;G蛋白

期刊名称： 西北农林科技大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-9387

年卷期： 2020 年 003 期

页码： 30-38

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]对加州鲈弹状病毒弱毒三水株(MSRV-SS-7)及其母源株(MSRV-SS)进行全基因组克隆和测序分析.[方法]采用分段扩增方法对MSRV-SS-7及MSRV-SS基因组核心序列进行PCR扩增,第1轮根据鳜鱼弹状病毒(SCRV)基因序列(NC008514.1)设计10对引物进行扩增并测序;在第1轮扩增产物测序、拼接基础上,设计8对引物进行第2轮扩增,拼接后获得基因组核心序列.同时用cDNA末端快速扩增法(RACE)获得3′和5′末端序列.采用Vector NTI 8.0对基因组核心序列和末端序列进行拼接,获得基因组全序列,使用Clone Manager 8.0对MSRV-SS-7和MSRV-SS进行序列比对分析;同时使用DNAMAN将基因组G基因序列转换为氨基酸序列,并通过MEGA 5.0与其他鱼类弹状病毒的G蛋白氨基酸序列进行进化树分析.[结果]MSRV-SS-7及其母源株MSRV-SS基因组全长均为11 548 bp,包含N、P、M、G、L等5个结构基因,基因组结构为3′Leader-N-P-M-G-L-Trailer 5′;MSRV-SS-7与MSRV-SS全基因组中共有10处核苷酸不同.G蛋白进化分析表明,MSRV-SS-7及母源株MSRV-SS与SCRV亲缘关系最近,且与鲈鱼弹状病毒属(Perhabdovirus)聚为一支.[结论]克隆分析了MSRV-SS-7的全基因组序列,可以用于后续活疫苗的开发.

分类号： S941.41

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