马铃薯(Solanum tuberosum L.)全基因组水平上LTR-逆转座子的鉴定与进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 许莹修

作者： 许莹修;杜建厂

作者机构：

关键词： LTR-逆转座子;基因组序列;插入时间;马铃薯

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2013 年 06 期

页码： 51-59

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： LTR-逆转座子是构成基因组特别是植物基因组的重要组分。它们在寄主基因组的进化过程中起到重要作用。马铃薯是重要的经济作物和粮食作物,其全基因组序列的公布为进一步研究其遗传组成和演化提供了基础。本文以马铃薯全基因组序列为材料,用结构分析和同源比对的方法分离得到9 318个完整的LTR-逆转座子,7 281个非完整(truncated)LTR-逆转座子元件和3 657个solo LTR元件。进一步研究表明,gypsy类转座子在距今两百万年(million years ago,MYA)时转座活性被抑制,而copia类元件活跃至今。马铃薯和番茄比较基因组学的研究表明,LTR-逆转座子序列变异率为18.73%,远高于基因序列的7.37%和CDS序列的5.01%。

分类号： S532

  • 相关文献

[1]豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征. 杨晓,张宇,陈莎,李桑桑,龚一诺,张卓,鲁清华,胡荣,刘勇,张德咏. 2019

[2]中国明对虾肝胰腺细小病毒全基因组的克隆及序列分析. 张峥,黄倢,高强,成君军,王明森. 2011

[3]基于全基因序列的中国北方3省(区)马铃薯Y病毒遗传多样性分析. 马俊丰,李小宇,张春雨,周雪平,王永志. 2020

[4]农业生物技术及其产业-中国水稻分子育种的新机遇. 翁建峰,苏宁,万建民. 2009

[5]水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析. 赵建军,柴秀丽,王凤雪,邵西群,陈涛. 2009

[6]甘薯卷叶病毒江苏分离物基因组全长序列测定及其外壳蛋白基因在大肠杆菌中的表达. 乔贞贞,秦艳红,乔奇,张德胜,田雨婷,高洁,张振臣. 2012

[7]巨桉miRNA及其靶基因生物信息学预测. 李崇奇,沈文涛,言普,黎小瑛,周鹏. 2014

[8]黄地老虎颗粒体病毒cDNA文库的构建. 张伟,王玮,艾秀莲,谢玉清,冯怀蓉. 2003

[9]鸡传染性支气管炎病毒ck/CH/LHLJ/090908株的基因组特性研究. 陈玲凤,韩宗玺,邵昱昊,孔宪刚,刘胜旺. 2014

[10]水稻小GTP蛋白基因Osrab5B基因的克隆和鉴定. 林慧贤,刘筱斌,李发强,罗文永,刘良式. 2001

[11]香蕉腺苷酸核糖基化作用因子1(MaArf1)基因的克隆及序列结构分析. 王园,王甲水,张建斌,徐碧玉. 2010

[12]侵染中国陕西南瓜的中国南瓜曲叶病毒的鉴定和全基因组分析. 冯润滋,杜敏,陈诚,马子玥,周雪平,杨秀玲. 2023

[13]籽粒苋C_4型磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因的克隆和表达. 冯瑞云,白云凤,李平,张维锋,王媛媛,杨武德. 2011

[14]烟草苗期立枯病病原菌Rhizoctonia solani AG-1 IB全基因组序列资源（英文）. 向立刚,蔡刘体,李文红,余知和,汪汉成,穆青. 2023

[15]在中国广东侵染胜红蓟的中国胜红蓟黄脉病毒的鉴定和全基因组分析. 乔蕊,周雪平,李方方. 2024

[16]BVDV JZ05-1分离株基因组非编码区结构特征及编码区突变规律分析. 李庆超,刘艳环,李海涛,朱言柱,肖家美,赵艳,苗利光. 2020

[17]猪瘟病毒JL-1(06)株的分离鉴定及其全基因组序列分析. 金美伶,成丹,孙元,李娜,彭伍平,夏照和,仇华吉. 2008

[18]猪瘟兔化弱毒疫苗株基因组的遗传变异分析. 王明杰,李娜,仇华吉,朱庆虎,李艳,李国新,童光志. 2007

[19]基于生物信息学的SNPs候选位点的筛查. 吴慧光,许尚忠,孙少华,高雪,任红艳. 2006

[20]猪瘟病毒石门株基因组全长cDNA的克隆与序列分析. 李国新,李娜,仇华吉,朱庆虎,李艳,王明杰,李继昌,童光志. 2006

作者其他论文 更多>>

微信小程序