黄瓜扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郝西

作者： 郝西;理向阳;腊贵晓;代丹丹;杨铁钢

作者机构：

关键词： 黄瓜;扩展蛋白;生物信息学;基因家族

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 10 期

页码： 2280-2289

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 扩展蛋白(expansins)是植物细胞壁的重要组成部分,能够引起细胞壁组分间松驰和细胞壁柔韧性增加,在植物的许多生长发育过程中发挥作用。为了揭示黄瓜扩展蛋白基因家族的功能,本研究利用全基因组测序数据鉴定黄瓜扩展蛋白基因家族,分析其结构特征及系统发育关系。黄瓜基因组测序数据分析显示,黄瓜扩展蛋白基因家族包含35个成员,包括A(21)、B(3)、LA(9)和LB(2)4个亚家族,分布在黄瓜7条染色体上。扩展蛋白氨基酸长度范围为206-295,编码蛋白质具有保守的结构域,蛋白质亚细胞定位预测结果表明所有蛋白均定位于细胞外。基因结构分析表明,黄瓜扩展蛋白四个亚家族的平均内含子数目分别为A类1.8个,B类2.7个,LA类3.8个和LB类3.5个。基因表达分析发现,该家族基因在黄瓜雌雄花蕾及果实发育过程中表达丰度较高。本研究分析了黄瓜扩展蛋白基因家族的基本信息,可为深入研究其扩展蛋白基因的分子进化与生物学功能奠定基础。

分类号： S642.2

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