基于基因组重测序发掘金针菇InDel、SV及丰度SNP标记

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贾定洪

作者： 贾定洪;王波;何晓兰;刘询

作者机构：

关键词： 金针菇;插入与缺失标记;结构变异标记;单核苷酸多态性标记;引物设计

期刊名称： 菌物学报

ISSN：

年卷期： 2024 年 007 期

页码： 39-50

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以金针菇白色单核菌株wm14基因组为参考基因组,以双核菌株15W、16W、18W、19W、20Y、21Y、22Y和25Y基因组重测序数据为研究对象,以自备的4个金针菇基因组为blast检验数据库,采用VCFtools-0.1.16软件进行数据过滤,发掘可靠且多态性强的SNP、InDel及SV位点信息.使用Primer3软件设计引物,通过标记引物的blastn特异性及通用性检测,实验获得了InDel/SV标记26个;它们可以直接扩增,根据电泳条带的大小差异检测菌株的遗传差异,获得了丰度SNP标记区域63个,成功设计出通用性引物16对作为传统ITS、Rpb2、Ef1α等靶标序列的有益补充.本研究拟开发更多可用于金针菇遗传分析的分子标记,希望可以从全基因组扫描明晰研究菌株的遗传背景,为后续金针菇分子辅助育种、功能基因发掘与机理探索等研究提供助力.

分类号： S64

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