基于2b-RAD简化基因组测序的甜瓜遗传多样性分析

文献类型: 中文期刊

第一作者: 曹燕燕

作者: 曹燕燕;刁倩楠;陈幼源;张永平

作者机构:

关键词: 甜瓜;遗传多样性;2b-RAD;单核苷酸多态性

期刊名称: 西北植物学报

ISSN: 1000-4025

年卷期: 2021 年 41 卷 001 期

页码: 96-106

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 该研究利用2b-RAD(type IIB endonucleases restriction-site associated DNA)测序对28份厚皮甜瓜亲本材料的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行基因分型,分析其遗传多样性与亲缘关系,为甜瓜分子标记辅助育种提供科学依据.结果表明:(1)28份甜瓜种质SNPs数量有10318个,其发生转换与发生颠换的比值为2.15,两两种质间的遗传分化系数和遗传距离的平均值分别为0.88和2.22,说明这28份种质之间存在高度的遗传分化.(2)依据甜瓜的果皮颜色、果面网纹和果肉颜色3种性状,分别将以上28份种质分为4个群体(白皮群体、黄皮群体、青皮群体和绿皮群体)、3个群体(光皮群体、稀网群体和密网群体)以及3个群体(白肉群体、桔肉群体和绿肉群体).(3)表型性状遗传分析结果显示,依据果皮颜色分类的各群体之间的遗传分化程度最高,其遗传分化系数在0.05~0.19之间,即均存在中度及以上程度的分化;光皮群体与密网群体之间存在中度遗传分化,但光皮群体与稀网群体之间以及稀网群体与密网群体之间均无显著分化;白肉群体与桔肉群体之间存在中度遗传分化,但白肉群体与绿肉群体之间以及桔肉群体与绿肉群体之间无明显分化.(4)分子系统进化树分析将28份甜瓜种质划分为三类,其中,第一类包含11份种质(主要为自主选育的纯合种质),第二类包含9份种质(大部分为从新疆引进或从新疆品种中选育出来的纯合种质),第三类包含8份种质(大部分为从日本引进或从日本品种中选育出来的纯合种质).研究表明,依据甜瓜分子水平的聚类结果与地理来源具有一定关系,但其与育种者依据甜瓜的果皮颜色、果面网纹和果肉颜色对育种材料的分类结果不完全一致.

分类号: Q347%Q789%S652

  • 相关文献

[1]一个获得与缺失变异(PAV)调控甜瓜果实苦味. 李娜,尚建立,周丹,李楠楠,王吉明,马双武. 2020

[2]基于2b-RAD技术分析白化茶树品种(系)遗传多样性. 刘声传,许应芬,魏杰,鄢东海,陈智雄,徐霖,刘燕,周玉锋. 2022

[3]中国对虾4代人工选育群体与1个野生群体遗传多样性分析及差异SNP位点筛查. 盖超伟,李旭鹏,曹宝祥,陈宝龙,张雅文,刘绵宇,栾生,孔杰,孟宪红. 2021

[4]盐城地方鸡MSTN基因外显子1多态性及其与生产性能的相关性分析. 金崇富,杨智青,陈长宽,陈应江,侯福银,时凯. 2016

[5]鸡IGFBP-3基因多态性及其与生产性能的相关性. 金崇富,葛兆建,杨智青,时凯,陈长宽,陈应江. 2013

[6]利用水稻抗旱种质研究驯化和育种对遗传多样性的影响. 卫海滨,夏辉,楼巧君,冯芳君,马孝松,梅捍卫,罗利军. 2016

[7]基于全基因组重测序的杏鲍菇菌株遗传多样性与性状分析. 林俊彬,严俊杰,韩星,赵金,甘颖,苗人云,冯仁才,李斐,赖学飞,仝宗军,甘炳成. 2023

[8]基于靶向测序技术的菜豆SNP液相芯片开发及验证. 袁娜,徐勤圆,徐照龙,周玲,刘晓庆,陈新,杜建厂. 2024

[9]贵州武陵山地区19份柚资源的遗传多样性. 王小柯,郑乾明,罗怿,李文云,柏自琴,李金强. 2019

[10]利用SNP分子标记分析鉴定不同形态的化橘红(Citrus grandis var.tomentosa)单株. 姜波,钟云,吴波,李菊,钟广炎,曾继吾. 2015

[11]利用分子标记对‘淮稻5号’进行品种真实性鉴定. 顾伟航,田佳琪,朱明超,文正怀,严卫古,王兴龙,张大兵,袁政. 2018

[12]糯玉米‘沪五彩花糯1号’品系特异性2b-RAD分子标记的开发及应用. 李全林,王义发,韩晴,袁政,沈雪芳. 2016

[13]黄条生长性状全基因组关联分析. 崔爱君,徐永江,王滨,姜燕,柳学周. 2021

[14]基于2b-RAD测序的四倍体马铃薯熟性相关的分子标记开发. 惠志明,徐建飞,简银巧,卞春松,段绍光,胡军,李广存,金黎平. 2022

[15]江浙沪地区甜瓜品种果实性状遗传多样性分析. 闫洪朗,王康,何林池,魏小云. 2018

[16]江浙沪地区甜瓜品种果实性状遗传多样性分析. 闫洪朗,王康,何林池,魏小云. 2018

[17]小卫星DNA核心序列引物分析甜瓜遗传多样性. 王掌军,王建设. 2008

[18]甜瓜育种亲本材料遗传多样性及群体结构的SSR标记分析. 王美荣,许勇,詹永乐,郭绍贵,任毅,宫国义,张海英. 2010

[19]甜瓜抗早衰种质资源SRAP分子标记分析. 高宁宁,常高正,康利允,李晓慧,梁慎,李海伦,王琰,徐小利,赵卫星. 2019

[20]甜瓜亲本资源果实性状的遗传多样性分析. 王志强,杜慧莹,李程,郭松,田梅,杨万邦,于蓉. 2022

作者其他论文 更多>>