水貂外周血淋巴细胞转录组RNA-Seq数据的denovo拼接和信息比对研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 易立

作者： 易立;仝明薇;程世鹏;孙长英;王文宪

作者机构：

关键词： 水貂;淋巴细胞;转录组;denovo拼接

期刊名称： 中国毛皮动物科学研究进展——2014年全国毛皮动物专业学术研讨会论文集

ISSN：

年卷期： 2014 年

页码： 7

收录情况： CSCD

摘要： 采用2代测序技术,对水貂(Mink,Mustelalutreola)外周血白细胞转录组进行了RNASeq测序、denovo拼接和信息比对研究。结果表明:转录组测序共得到了3.1GB的原始数据,共32245804个reads,去除载体信息的数据量为28797350个reads。经质量控制和denovo拼接后,对组装出来的转录本利用TransDecoder鉴定coding区域,共获得了118868条水貂转录本,其平均长度为525.53bp。利用Trinotate对ORF和contigs进行功能注释,用Uniprotdatabase、RNAMMER、eggNOG、GO、KEGG对预测出来的...

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