马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 葛健辉

作者： 葛健辉;关文志;任晋东;牛宝龙;胡金春;王伟;翁旭东;楼宝;于瑾;许晓军

作者机构：

关键词： 马口鱼;全基因组;简单重复序列;多态性

期刊名称： 浙江农业学报

ISSN： 1004-1524

年卷期： 2023 年 35 卷 011 期

页码： 2584-2593

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39 个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测.结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304 870 个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型.5 种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸 SSR>三核苷酸 SSR>六核苷酸 SSR>五核苷酸SSR.内含子区SSR数量最多,为93 380 个;5′非翻译区SSR数量最少,为622 个.各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区.编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5 个区域最多的是二核苷酸SSR.各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30.通过筛选得到15 对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106 个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为 0.339~0.830,其中 12 对引物具有高度多态性(PIC>0.5).这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据.

分类号： S917.4

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