广西莪术EST-SSR标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨妮

作者： 郭嗣斌;王建;刘平武;李孝琼;苏伟敏;靳雅慧

作者机构：

关键词： 广西莪术;EST-SSR;引物开发

期刊名称： 现代中药研究与实践

ISSN： 1673-6427

年卷期： 2017 年 02 期

页码： 12-16

摘要： 目的利用NCBI公布的姜黄EST序列,挖掘SSR位点,开发近缘种广西莪术EST-SSR标记。方法下载NCBI公布的姜黄EST序列,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,采用Primer5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术进行有效性及多态性检测。结果 12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸、三核苷酸重复序列最多,分别占50.36%,31.54%,以AT/TA和CT/GA出现频率最高。利用Primer5.0设计引物共325对,PCR检测表明,104对引物可以扩增出稳定清晰的带型;在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09%。结论姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高。

分类号： R282.5

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