葡萄果粒形状简化基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张恒

作者： 张恒;刘众杰;樊秀彩;张川;崔力文;刘崇怀;房经贵

作者机构：

关键词： 葡萄;果粒形状;SLAF;基因组关联分析

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2017 年 44 卷 10 期

页码： 1959-1968

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了寻找控制葡萄果粒形状的基因位点,本研究中对304个葡萄种质的果形性状了进行简化基因组关联分析。对葡萄种质材料的基因组DNA进行测序,平均测序深度为8.13×,共开发466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有392 374个。比对测序分析获得了4 241 729个SNP标记,进一步根据完整度大于0.8以及次要基因型频率大于0.05的标准进行过滤,共得到481 192个SNP。本次检测到的控制葡萄果粒形状的相关位点为首次报道,除基于一般线性模型的SNP rs26137624外,其余检测表型遗传变异贡献率均大于11%。基于一般线性模型和混合线性模型分别关联到7个和3个显著性SNP标记,且均位于2号染色体上。通过筛选每个显著性SNP标记上下游区域,对关联区域进行功能基因挖掘,共得到10个有预测功能注释的基因和7个未知功能的基因。

分类号： S663.1

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