黑麦草EST-SSR分子标记开发及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王秀华

作者： 王秀华;李家丽;蒲艳艳;丛晓翔;林雪婷;于鸿翔;赵岩

作者机构：

关键词： 黑麦草;EST-SSR;信息分析;引物设计;功能分析

期刊名称： 山东农业科学

ISSN： 1001-4942

年卷期： 2016 年 48 卷 10 期

页码： 1-6

摘要： 为加速分子标记在黑麦草中的应用,利用黑麦草EST数据库(Gen Bank/db EST)开展了黑麦草EST-SSR信息分析、标记开发和EST功能分析研究。在25 752条黑麦草EST序列中,共发现346条SSR序列,占整个EST总数的1.344%。其中,三核苷酸基序最多(39.60%),次之为二核苷酸基序(31.79%)。三核苷酸基序以GGC/CCG出现频率最高,为8.38%,其次是CGC/GCG(7.51%)、GCC/CGG(4.05%)和ATG/TAC(2.02%),二核苷酸基序以CT/GA出现频率最高(14.45%),其次是GA/CT(10.98%)。根据这些含有SSR的EST序列,利用Primer Premier 5.0软件,对346条EST-SSR序列进行引物设计,共设计引物193对,其中分值在90分以上的有113对(32.66%)。利用Gen Bank的Blast N和Blast X程序对相应113条EST进行功能分析,72条EST序列与51种具有生物学功能的蛋白质同源。

分类号： S543.6

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