尼罗罗非鱼补体C9基因单核苷酸多态性及其与抗无乳链球菌感染的关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹建萌

作者： 曹建萌;胡欣欣;卢迈新;陈琼;刘志刚;陈昆平

作者机构：

关键词： 尼罗罗非鱼;补体C9;SNPs;无乳链球菌;关联分析

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2017 年 25 卷 03 期

页码： 354-365

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为获得与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)链球菌病抗性相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymophisms,SNPs)标记,本研究克隆了尼罗罗非鱼补体C9基因(On C9)的基因组DNA序列,通过直接测序法从20个家系的39条尼罗罗非鱼On C9的测序序列中分析得到22个SNPs位点,其中S1(C483T)、S3(G954A)、S4(T1180C)、S5(G1539A)、S6(G1627T)、S7(A2590T)、S10(T2876G)、S11(C2915G)、S12(T2939G)、S13(A2942C)、S14(A3544C)、S15(T3604C)、S16(T3670C)、S17(T3841C)、S18(T4339C)、S19(G4494C)、S20(A4678G)、S21(T5790A)、S22(T5816G)等19个SNPs位点在内含子中,S2(C644T)、S8(C2660T)和S9(A2751T)等3个SNPs位点位于外显子中,其中S2、S9属于非同义突变,S8为同义突变。此外,本研究获得的On C9 SNPs位点中有一半为碱基转换产生,另一半为碱基颠换产生。通过snapshot分型法对易感群体(susceptible group,SG)(84尾)和抗病群体(resistance group,RG)(81尾)进行了分型,并利用Popgen32软件统计分析了尼罗罗非鱼On C9各个SNPs位点在两个群体的多态性和遗传参数,结果显示多态信息含量(polymorphism information content,PIC)值为0.09~0.37,表明所有SNPs位点均为中度或低度多态。采用SPSS 20软件分析了22个SNPs位点在两个群体中的基因型频率、等位基因频率,并采用卡方检验其显著性,分析其与抗病性状之间的相关性,发现S8和S21两个位点与抗病性状显著相关。通过Haploview 4.2软件分析了On C9中的22个SNPs位点所形成的单倍块和连锁不平衡状态。结果表明,22个位点可构成4个单倍块和11个单倍型。其中GTTAG和ATGA两个单倍型与尼罗罗非鱼链球菌病易感性显著相关(P<0.05)。本研究显示,筛选到的尼罗罗非鱼On C9的两个SNPs位点和两个单倍型具有用于尼罗罗非鱼抗链球菌(Streptococcus agalactiae)病性状的分子辅助育种的潜力。

分类号： S917.4

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