德南牛全基因组变异解析和功能基因挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵家豪

作者： 赵家豪;刘贤;张子敬;赵昭;杜蕾;吕世杰;雷初朝;王二耀;黄永震

作者机构：

关键词： 德南牛;选择信号;遗传结构分析;候选基因

期刊名称： 中国牛业科学

ISSN： 1001-9111

年卷期： 2024 年 03 期

页码： 1-6

摘要： [目的]研究德南牛的群体遗传结构和解析影响其重要性状的关键基因。[方法]通过主成分分析、群体进化树分析、群体遗传结构分析等方法，研究德南牛的遗传结构和与其他品种的亲缘关系；同时，利用全基因组SNP数据，计算德南牛与德国黄牛、南阳牛群体固定指数(Fst)和核苷酸多样性比值(πratio)、复合似然比(CLR)、XP-EHH等多种选择信号指标，以筛选出德南牛基因组上受到选择的信号，鉴定出重要的候选基因。[结果]德南牛具有欧洲普通牛(0.789)、东亚牛(0.176)、中国瘤牛(0.035)的混合血统。在θπ和CLR方法中鉴定出93个共有基因，使用FST和XP-EHH方法鉴定出17个共有基因。进行富集以及基因功能注释后，发现这些基因可能与生殖性能(TUBB3、NSD2、GRM1、ERBB4)、生长性状(RFX3、FGFR3、GABRB1、PDE4D)、环境适应性(PGR、GRIA4)和免疫系统反应(P2RY12、P2RY13、GPR87、P2RY14、GPR171)有关。[结论]本项研究发现德南牛血统受德国黄牛影响较多，且挖掘了德南牛基因组内可能具有经济意义的性状相关的选择特征，为德南牛种群的选育提高提供理论支撑。

分类号： S823.2

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