辣椒花药转录组SSR位点信息分析及标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 聂智星

作者： 聂智星;傅鸿妃;李高青;郭赛赛;郑积荣

作者机构：

关键词： 辣椒（Capsicum annuum L.）;花药转录组;SSR位点;标记开发

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2023 年 023 期

页码： 7803-7810

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发高效实用的EST-SSR标记，对辣椒（Capsicum annuum L.）花药样品的转录组进行测序，去冗余后得到44 832条转录本序列。对所有转录本进行SSR分析，共检测出7 189个SSR位点，分布于5 721条转录本上。SSR位点出现频率为16.04%，平均每7.90 kb检出1个SSR位点。分析SSR位点特征发现，97.80%的SSR重复序列长度在10～30 bp之间，单核苷酸和三核苷酸为主要重复基元类型，各占SSR总数的45.31%和35.99%；全部SSR位点共有159种重复基元，除单核苷酸重复外，AG/CT、AAG/CTT为优势重复基元，分别占SSR总数的9.72%和8.43%。随机选择29对EST-SSR引物在8个供试辣椒自交系中进行扩增发现，引物有效性为93.10%，多态率为17.24%。本研究中开发的EST-SSR标记可为辣椒的种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等提供支持。

分类号： S641.3

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