猪let-7a靶基因预测及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张家庆

作者： 张家庆;王献伟;李文嘉;何俊丹;白红杰;陈俊峰;任巧玲;魏成斌;邢宝松

作者机构：

关键词： ssc-let-7a;靶基因;信号通路;颗粒细胞凋亡;卵泡闭锁

期刊名称： 家畜生态学报

ISSN： 1673-1182

年卷期： 2020 年 004 期

页码： 14-21

收录情况： 北大核心

摘要： 旨在通过对ssc-let-7a进行靶基因预测及生物信息学分析,探究其调控猪卵泡发育和闭锁的作用机制.利用荧光定量PCR技术对猪卵泡期不同状态的3种中等(3~5 mm)卵泡(健康卵泡(H)、早期闭锁卵泡(EA)和晚期闭锁卵泡(PA))的颗粒细胞中ssc-let-7a表达变化进行比较研究,利用过表达let-7a检测其对H2O2诱导颗粒细胞氧化损伤的保护作用;应用JASPAR、PROMO、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI等数据库对ssc-let-7a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、GO富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果表明:随着卵泡闭锁程度的加深,ssc-let-7a在颗粒细胞中的表达水平发生显著下调;过表达ssc-let-7a对H2O2诱导猪颗粒细胞氧化损伤具有保护作用;ssc-let-7a在各物种间非常保守,其启动子区域有FoxO1/3等多个转录因子结合位点,278个靶基因主要参与细胞增殖、凋亡和分化生物学过程,其主要参与MAPK、TP53和TGF-β等信号通路.由此推测,ssc-let-7a受到FoxO等多个转录因子调控,它可能通过参与MAPK、TGF-β和TP53等通路的调节从而影响颗粒细胞的增殖或凋亡,进而影响猪卵泡发育.

分类号： S828

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