丝瓜转录组SSR位点分析及其分子标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 朱海生

作者： 朱海生;张前荣;刘建汀;陈敏氡;王彬;薛珠政;李大忠;温庆放

作者机构：

关键词： 丝瓜;简单重复序列;转录组;多态性

期刊名称： 中国细胞生物学学报

ISSN： 1674-7666

年卷期： 2016 年 09 期

页码： 1118-1127

收录情况： CSCD

摘要： 对丝瓜(Luffa cylindrica)开展转录组测序分析,共获得58 073条unigene(序列总长约52 087 451 bp),共检测到8 693个SSR(simple sequence repeat)位点,平均分布距离为5.99 Kb;其中,SSR位点中主导类型为二核苷酸重复类型,占总SSR的45.89%;其次,三核苷酸重复类型,占38.89%。二核苷酸重复基序中以AG/CT为主,三核苷酸重复基序以AAG/CTT为主。通过Primer 3.0设计得到7 563对SSR引物,随机选择30对SSR引物,对32种不同来源的丝瓜进行多态性验证分析,其中,22对(占73.33%)引物表现稳定可重复的多态性。利用UPGMA作图,将32份供试材料分为普通丝瓜和有棱丝瓜2类,这2类丝瓜可以进一步分别被分为2个亚群,丝瓜类群的划分与有无棱沟密切相关,与形状、颜色有较高的相关性。通过对丝瓜转录组分析可获得较高频率的SSR位点且类型丰富,为丝瓜遗传多样性分析和遗传图谱构建提供更加丰富可靠的标记选择。

分类号： S642.4

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