液相芯片"黄海芯1号"在凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘绵宇

作者： 刘绵宇;李旭鹏;孔杰;孟宪红;陈美佳;罗坤;隋娟;代平;张雅文;强光峰;谭建;陈宝龙;曹家旺;李波波;赖晓芳;栾生

作者机构：

关键词： 凡纳滨对虾;基础群体;AHPND;育种芯片;遗传多样性

期刊名称： 水产学报

ISSN： 1000-0615

年卷期： 2023 年 47 卷 001 期

页码： 215-224

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值,实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(VpAHPND)侵染实验,利用自主研发的40K SNP液相芯片"黄海芯1号"获得146尾个体的基因型信息,对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力.VpAHPND浸染实验结果显示,不同群体间存在抗病差异,PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%.利用质控后的38148个SNP信息构建系统进化树,结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起,进而同属一个群体的多个家系聚在一起.主成分和遗传结构分析显示,可以准确地将146尾个体划分为3个组,与系统进化树聚类结果一致.遗传多样性分析显示,3个群体的观测杂合度(Ho)平均值为0.25~0.29,多态信息含量(PIC)平均值为0.20~0.23,上述遗传参数达到极显著水平.3个群体间的遗传分化系数(FST)为0.11~0.21,存在中高度遗传分化.基因组近交分析表明,EE、PP和SS群体的近交系数均值分别为?0.05±0.06、0.20±0.09和0.37±0.07,后2个群体内部分个体表现出较高的近交水平.使用ssGBLUP-MF(Single Step Genomic BLUP with Metafounders)模型,复合基因型、表型和系谱信息,获得VpAHPND侵染后存活状态的遗传力估计值为0.24±0.07,表现为中等水平,表明基础群体具有较好的选育潜力.研究表明,利用液相芯片"黄海芯1号"开展辅助育种,可以进一步提高基础群体构建和评估的效率.

分类号： S941

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