中国对虾4代人工选育群体与1个野生群体遗传多样性分析及差异SNP位点筛查

文献类型： 中文期刊

第一作者： 盖超伟

作者： 盖超伟;李旭鹏;曹宝祥;陈宝龙;张雅文;刘绵宇;栾生;孔杰;孟宪红

作者机构：

关键词： 中国对虾;2b-RAD;SNP标记;遗传多样性;人工选择

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2021 年 012 期

页码： 1505-1514

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用2b-RAD技术对中国对虾（Fenneropenaeus chinensis） 2015年、2016年、2017年、2019年4代选育群体和野生群体合计821尾个体进行简化基因组测序,分析中国对虾人工选育群体和野生群体遗传多样性特征,挖掘在持续人工选育过程中受选择的SNP位点。测序共得到83767个SNP位点,F-统计结果显示,野生群体与选育群体间遗传分化系数（FST）均值为0.022,野生群体与2019年选育群体之间遗传分化程度最高为0.0260,与2015年选育群体之间遗传分化程度最低为0.0190;野生群体与选育群体之间遗传分化系数（FST）均小于0.05,为弱遗传分化。群体主成分分析（PCA）结果显示野生群体与选育群体之间遗传结构未发生明显改变。遗传多样性统计结果表明,野生群体与选育群体期望杂合度（He）均值分别为0.1716和0.1806,观测杂合度（Ho）均值分别为0.1861和0.1943,多态性信息含量（PIC）均值分别为0.1428和0.1515,核苷酸多态性（Pi）均值分别为0.1732和0.1813,其中2017年、2019年选育群体各遗传多样性指数与野生群体相比均存在显著差异（P<0.05）。对不同世代选育群体与野生群体进行选择消除分析,分别得到92个、103个、166个、117个受选择SNP位点,共有位点数目为4个。相邻世代选育群体之间等位基因频率逐代上升的共有位点数目为7107个,其中3674个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡（P<0.05）;等位基因频率逐代下降的共有位点数目为8501个,其中4101个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡（P<0.05）。研究结果表明,中国对虾经过累代人工选育,依然具有较高的遗传选育潜力,可以继续作为人工选育材料。

分类号： S917.4

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