利用GoldenGate分析的高通量SNP芯片对鲤基因进行分型

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张晓峰

作者： 张晓峰;郑先虎;匡友谊;李超;鲁翠云;孙效文

作者机构：

关键词： 单核苷酸多态(SNP);鲤;遗传多样性;Golden Gate分析;高通量

期刊名称： 水产学杂志

ISSN： 1005-3832

年卷期： 2016 年 29 卷 06 期

页码： 19-25

摘要： 单核苷酸多态性(SNPs)标记在大多数物种基因组中数量巨大且分布均匀,是许多水产物种遗传研究的理想标记,因此快速发展了几种高通量、快速的SNP标记分型平台。本研究利用Golden Gate分析技术对鲤Cyprinus carpio转录组测序的1 536个SNP标记合成了一张中等密度SNP芯片,对5个鲤群体的480份样本进行基因分型。结果表明:1 235个SNP标记成功分型,约占80%;915个标记至少在一个家系中呈现多态性,占74.1%;标记最小等位基因频率(MAF)介于0.05~0.5之间,平均为0.334,其中48.9%的标记最小等位基因频率(MAF)大于平均值;5个群体中SNP标记平均多态性信息含量(PIC)在0.3左右,为中度多态,杂合度为0.010~0.990,平均为0.5左右,暗示群体具有丰富的遗传多态性,育种价值及性状改良潜力很大。本研究分型的多态性SNP标记可广泛应用于遗传多样性研究、标记-性状关联分析以及分子标记辅助育种。

分类号： S917.4

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