新暗色柱节孢H1全基因组测序和注释

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵晓珍

作者： 赵晓珍;齐勇;王红林;马玉华;郑乾明

作者机构：

关键词： 新暗色柱节孢;火龙果溃疡病;全基因组;编码基因;功能注释

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2023 年 36 卷 007 期

页码： 1406-1414

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]测序并组装火龙果溃疡病病原菌新暗色柱节孢(Neoscytalidium dimidiatum)H1的基因组序列,为了解其基因组构成、遗传变异、致病机理和制定防控策略奠定基础.[方法]提取贵州火龙果溃疡病病原菌N.dimidiatum H1的基因组DNA,利用Illumina NovaSeq和Nanopore PromethION测序平台进行基因组测序、组装和注释分析.[结果]通过测序和组装获得N.dimidiatum H1的基因组规模为43.78 Mb,Gap数量为0;组装获得14个contig,N50长度为3.92 Mb,平均长度为3.13 Mb,最长长度为5.63 Mb.使用真核和真菌直系同源基因集进行BUSCO评估,完整的单拷贝基因比例分别为98.60%和98.50%.N.dimidiatum H1的基因组含有12 962个编码基因和205个非编码RNA.N.dimidiatum H1的基因组中重复序列含量为1.62%,简单重复为主要类型.转座子含量为1.59%,以LTR类Gypsy亚族和LINE类为主要类型.共计12 703个(98.00%)编码基因被注释,与同属于葡萄座腔菌科(Botryosphaeriaceae)的 Macrophomina phaseolina MS6 和 Neofusicoccum parvum UCR-NP2 具有较高同源性.[结论]利用Nanopore和Illumina测序策略获得高质量N.dimidiatum H1的基因组序列,为进一步研究其致病机理和防控策略奠定理论基础.

分类号： S432.44

  • 相关文献

[1]贵州火龙果溃疡病病原菌鉴定及生物学特性. 赵晓珍,柏自琴,王荔,李兴忠,郑伟,王彬. 2021

[2]基于全基因组测序的贝莱斯芽胞杆菌Ba-0321抑菌机制分析及相关功能验证. 李小杰,邱睿,刘畅,姚晨虓,白静科,陈玉国,李淑君. 2023

[3]广西剑麻黑斑病病原菌鉴定及其生防菌筛选. 王丽萍,陈涛,方石桂,施国驹,陈禄,龙凌云,黄秋伟,黄惠芳,毛立彦,谢红辉. 2021

[4]火龙果溃疡病原菌拮抗菌株的筛选与生物防治效果初探. 张振华,林江,王文雅,许畅,杨开样,何世伟. 2019

[5]贵州火龙果溃疡病发生情况及发病因素调查. 柏自琴,李兴忠,赵晓珍,郑伟,程蕾,吴永忠,陈仕梅,王正媛,张永忠. 2020

[6]杀菌剂对火龙果溃疡病的室内毒力和田间防效. 贤小勇,林珊宇,朱桂宁,韦小妹,覃武,梁桂东,钟有超. 2018

[7]防治火龙果溃疡病的药剂筛选及田间应用. 贤小勇,朱桂宁,韦小妹,钟有超,黄黎芳. 2018

[8]芥子酶的研究概况. 李定琴,张家明. 2007

[9]氮循环过程的微生物驱动机制研究进展. 林伟,李玉中,李昱佳,周晚来,张冬冬,戚智勇. 2020

[10]激光诱变小麦后代材料籽粒贮藏蛋白编码基因变异的研究. 郭北海,王子宁,孙风瑞,李洪杰,方仁. 1993

[11]断奶仔猪免疫应激相关miRNA的鉴定及其表达研究. 王宁,张宏福,黄春晓,吕新慧,戴汉川. 2012

[12]IGF-II生理功能及其编码基因的结构研究. 王桂武,杨福合. 2007

[13]细菌内同源重组法制备FMDV聚蛋白编码基因重组腺病毒. 张兴旺,王勤,柳纪省,殷相平,李志勇. 2006

[14]利用宏基因组文库筛选草甘膦不敏感的5-enolpyruvylshikimate-3-phosphatesynthase基因. 陆伟,梁爱敏,孟秀萍,顿宝庆,金丹,穆文超,林敏. 2006

[15]短柄草种子贮藏蛋白分析及其编码基因克隆. 韩晓峰,王轲,李宏宇,叶兴国,晏月明. 2009

[16]普通小麦低分子量谷蛋白亚基基因克隆与功能标记的开发. 王林海,何中虎,夏先春. 2009

[17]海洋细菌来源低温褐藻胶裂解酶的分泌表达和酶学性质研究. 张文彬,白露,刘彬,王朋梅,莫照兰,李杰. 2021

[18]小麦抗菌蛋白编码基因BS108的克隆及其转基因抗病小麦的创制. 李钊,周淼平,张增艳,庄洪涛,徐惠君,杜丽璞,叶兴国. 2010

[19]大豆β亚基低含量遗传机理研究. 王俊,王林林,邱丽娟. 2008

[20]NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析. 马彦军,段慧荣,魏佳,Richard John Tiika,单立山,马瑞. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序