侵染西番莲的东亚西番莲病毒全基因组序列特征及TC-RT-PCR检测技术

文献类型： 中文期刊

第一作者： 谢丽雪

作者： 谢丽雪;张小艳;张立杰;郑姗;李韬

作者机构：

关键词： 西番莲;东亚西番莲病毒;全基因组;TC-RT-PCR检测

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2022 年 55 卷 022 期

页码： 4408-4418

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]东亚西番莲病毒(East Asian Passiflora virus,EAPV)是西番莲(百香果)上危害严重的一种病毒.本研究对我国大陆地区东亚西番莲病毒福建分离物(EAPV-FJ)的全基因组序列进行测定,明确其基因组序列特征,并建立适用于EAPV特异性检测的TC-RT-PCR(tube capture RT-PCR)技术,旨在为该病毒的检测、监测及防治提供理论依据和技术支持.[方法]采用小RNA深度测序技术结合分段克隆方法和RACE技术,测定EAPV-FJ的全基因组序列,对获得的序列进行序列特征、系统发育关系和重组分析;通过反应条件及反应体系优化,建立用于EAPV快速检测的TC-RT-PCR技术,测定其特异性和灵敏度,并应用建立的TC-RT-PCR技术对福建省西番莲果园采集的样品进行检测,同时利用普通RT-PCR检测方法进行验证.[结果]测序获得的EAPV-FJ核苷酸序列全长为10065 nt(不含polyA尾),含有一个长度为9663 nt的开放阅读框,编码3220 aa的多聚蛋白(polyprotein),经剪切后最终生成P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa、NIb和CP 10个蛋白.基因组序列一致性分析结果表明,EAPV-FJ全基因组与GenBank登录的4个EAPV代表分离物核苷酸序列一致性为80%—99%,其中与AO株系的越南分离物EAPV-GL1(GenBank登录号:MT450870)一致性最高,为99%;EAPV-FJ多聚蛋白核苷酸、氨基酸序列与GenBank登录的4个EAPV代表分离物一致性分别为79%—99%、82%—98%.基于多聚蛋白核苷酸序列的系统发育关系分析显示,EAPV分离物共分为两个类群(Group I为AO株系、GroupⅡ为IB株系),未表现出明显的地理相关性,其中EAPV-FJ属于Group I,与已报道的越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近.重组分析结果表明,EAPV-FJ为非重组分离物.建立的TC-RT-PCR检测技术具有较好的特异性和灵敏度,仅能检测到感染EAPV的西番莲样品,而黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、西番莲潜隐病毒(Passiflora latent virus,PLV)、木槿潜隐皮尔斯堡病毒(hibiscus latent Fort Pierce virus,HLFPV)、芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus,TuMV)、大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)、夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus,TeMV)等其他病毒及健康样品均无法检测到;灵敏度最低可以检测到稀释10倍的EAPV西番莲病叶提取液原液,与普通RT-PCR检测方法的灵敏度相当.应用建立的TC-RT-PCR技术从福建省西番莲果园采集的60份疑似病样中检出EAPV共13份,该结果与普通RT-PCR检测结果一致.[结论]首次报道了我国大陆地区EAPV全基因组序列,该分离物(EAPV-FJ)基因组结构与已报道的其他分离物一致,在系统发育关系上与越南分离物EAPV-GL1亲缘关系最近,且未检测到重组位点;建立的TC-RT-PCR检测技术具有操作简便、特异性强、灵敏度高和成本低的优点,能有效用于西番莲果园样品上EAPV的实际检测.

分类号： S436.67

  • 相关文献

[1]福建西番莲上首次检出东亚西番莲病毒. 谢丽雪,张立杰,张小艳,郑姗,李韬. 2018

[2]西番莲病毒可视化多重RT-LAMP检测技术的建立. 谢丽雪,陈细红,张小艳,陈江姗,张立杰,高芳銮,沈建国,李韬. 2023

[3]西番莲的繁殖与栽培管理技术. 张燕. 2008

[4]福建西番莲病毒病的发生及其病原花瓜花叶病毒亚组鉴定. 徐平东,柯冲. 1999

[5]西番莲果皮加工果脯的工艺. 曾帆. 2019

[6]福建西番莲病毒病的发生及其病原黄瓜花叶病毒亚组鉴定. 徐平东,李梅,柯冲. 1999

[7]西番莲果实生物活性成分及生理功能研究进展. 成文韬,袁启凤,肖图舰,陈楠,王立娟,王壮,马玉华,周俊良. 2018

[8]5份西番莲种质资源性状评价. 章希娟,许玲,魏秀清,许家辉. 2017

[9]利用小RNA测序技术检测贵州西番莲病毒. 严佳文,袁启凤,解璞,王立娟,马玉华,王正媛. 2019

[10]福建西番莲上广东番木瓜曲叶病毒的分子鉴定. 谢丽雪,张小艳,郑姗,张立杰,李韬. 2019

[11]侵染西番莲的夜来香花叶病毒的分子鉴定及特异性检测. 谢丽雪,张小艳,郑姗,张立杰,李韬. 2017

[12]西番莲营养及功能性成分的研究进展. 史斌斌,袁启凤,李仕品. 2019

[13]广西西番莲营养品质分析. . 2019

[14]西番莲研究进展. 陈媚,刘迪发,徐丽,姚碧娇,李祥恩,符小琴,高玲. 2020

[15]离子交换色谱法测定西番莲中有机酸. 蒋越华,陈永森,金刚,秦玉燕,时鹏涛,农耀京,王运儒,李乾坤. 2018

[16]西番莲花粉活力研究初报. 陈媚,冯红玉,徐丽,刘迪发,姚碧娇,符小琴,高玲. 2022

[17]西番莲的加工利用研究. 陈智毅,李升峰,吴继军,刘学铭,徐玉娟,陈卫东. 2006

[18]2种浓缩方式对西番莲果汁品质变化的影响. 龙倩倩,袁源,陈历刚,林丽静,马丽娜. 2018

[19]西番莲自交和异交的花粉管荧光显微观察及授粉亲和性分析. 田青兰,吴艳艳,张英俊,刘洁云,黄伟华,温放,韦毅刚,牟海飞. 2023

[20]西番莲双受精过程的细胞学观察. 曾华金,秦云霞,刘志昕,彭存智. 2003

作者其他论文 更多>>

微信小程序