利用微卫星和SNP标记信息进行奶牛亲子鉴定的模拟研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周磊

作者： 周磊;初芹;刘林;刘剑锋;王雅春;张沅

作者机构：

关键词： 奶牛;SNP;微卫星标记;亲子鉴定;排除概率;模拟

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2011 年 42 卷 02 期

页码： 169-176

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究旨在比较微卫星标记和单核苷酸多态(SNP)标记进行奶牛亲子鉴定的效率。研究中随机模拟了10 000对含微卫星或SNP标记信息的非亲子关系的个体,用排除法进行亲子鉴定,该过程重复100次。结果表明,标记的多态性对于排除概率的影响最大。达到同样的排除概率,所需低多态标记数量远高于高多态标记。当真实母亲基因型已知时,个体父亲的推断效率较高。达到同样的排除概率,无论标记多态性高或低,3种鉴定类型所需SNP标记数量均大于微卫星标记。当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.484和0.875时,需要的SNP标记数是微卫星标记的5~6倍;当SNP和微卫星标记的平均杂合度为0.363和0.566时,需要的SNP标记数约是微卫星标记的2倍。在2种标记中,达到同样排除概率(大于0.99),采用至少2个矛盾推断原则推断所需标记数为单个矛盾推断原则的1.45倍。结果表明,由于SNP标记具有误判率低、重复性高和易于高通量自动化检测等特点,随着检测成本降低,SNP标记将来完全有可能取代微卫星标记用于奶牛群体的亲子鉴定。

分类号： S823.91

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