谷子COBRA家族成员的全基因组鉴定及表达模式分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 任昂彦

作者： 任昂彦;陈环宇;王根平;施洋;陆镇威;陈涛;李晓莎;潘宗瑾;戚永奎;杨华

作者机构：

关键词： 谷子;COBRA;纤维素;基因家族;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2024 年 22 卷 023 期

页码： 7669-7677

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 谷子(Setaria italica L.)是富含蛋白质、纤维素的主要杂粮作物之一。为了解析谷子中参与纤维素沉积和细胞扩张的COBRA家族，利用生物信息学分析手段对谷子进行全基因组鉴定和分析。结果表明，在谷子中共鉴定出9个COBRA家族成员(其中SiCOBL9序列不完整)，可分为两个亚家族，来自同一亚家族的成员理化特性、序列保守性和基因结构相似，COBRA家族编码基因主要分布在染色体的两端，系统发育树分析显示谷子COBRA蛋白与禾本科玉米最为相似，并且所有成员都具有COBRA蛋白所具备的CCVS保守结构和糖基化修饰位点等。组织表达模式分析结果表明，基因的表达存在组织差异性，其中SiCOBL6在所选组织中表达量均较高，在所选组织中未发现特异表达的基因。

分类号： S515

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