芝麻EST-SSR引物的开发与应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 柯涛

作者： 柯涛;毛晗;董彩华;陈书元;于景印;赵应忠;刘红艳;刘胜毅

作者机构： 农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室

关键词： 芝麻;EST-SSR;油脂代谢;SSR标记

期刊名称： 中国油料作物学报

ISSN： 1007-9084

年卷期： 2013 年 35 卷 01 期

页码： 43-47

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为丰富芝麻EST-SSR引物,本研究从实验室构建的高油芝麻品系中芝14号的不同种子发育期cDNA文库中获得45 569条表达序列标签(expressed sequence tags,EST),通过前处理得到总长17.428Mb的无冗余EST共32 421条。利用MISA和SSR finder软件包工具对EST序列进行SSR位点查找,在这些序列中发现有1 688条Unigene,共有1 949个SSR。共226个序列含2个或2个以上SSR位点。这些SSR中出现频率最高的重复基序类型为三核苷酸(74%)。为开发芝麻EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于芝麻品种遗传差异研究的可行性,用12份不同含油量品系材料评价其中34对与油脂代谢相关的基因SSR引物,全部成功扩增,共有3对引物获得多态性条带。结果表明,芝麻EST-SSR标记开发效率较高,对于芝麻品种的鉴定与遗传多样性分析具有很高的应用价值。

分类号： S565.3

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