基于限制位点相关的DNA(RAD)测序技术检测甜菜多态性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘蕊

作者： 刘蕊;董宇飞;刘乃新;吴玉梅

作者机构：

关键词： 甜菜(Beta vulgaris L.);限制性位点相关DNA;SNP;遗传多样性

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 015 期

页码： 5020-5029

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 甜菜是一种重要的糖料作物,占世界糖来源的1/3.甜菜品种改良的主要障碍是其遗传变异小、遗传资源有限.在本研究中,我们使用限制性位点相关DNA (restriction-site-associated DNA, RAD)测序技术,在全基因组范围内搜寻20种甜菜基因型的SNPs和SSRs.根据有效限制性酶切片段(restriction fragment, RF)的GO注释,发现7 144个与"生物过程"有关,4 378个与"细胞组份"有关,3 763个与"分子功能"有关.采用多重比对方法,鉴定出甜菜含有38 884 682 SNP位点.这些SNP成功地揭示了甜菜基因型间的遗传关系.此外,在RAD酶切序列中也鉴定出了17 916个SSR位点.甜菜基因组中最常见的SSR序列为二核苷酸(6 019, 33.60%),其次是单核苷酸4 321 (24.11%),再次是三核苷酸3 597 (20.07%).RAD测序技术使甜菜分子标记的快速全基因组发现成为可能.本研究所鉴定的大量SNP和SSRs位点,对构建甜菜高密度遗传连锁图谱、QTL分析、标记辅助选择和比较研究具有重要意义.

分类号： S566.3

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