6种鸡形目和雁形目禽类Mx蛋白编码基因的适应性进化

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李慧芳

作者： 李慧芳;韩威;朱云芬;束婧婷;陈宽维;张学余

作者机构： 中国农业科学院家禽研究所

关键词： 禽类;抗粘液病毒基因;密码子置换模型;适用性进化

期刊名称： 家畜生态学报

ISSN： 1673-1182

年卷期： 2010 年 31 卷 03 期

页码： 10-14

摘要： 为进一步了解禽类Mx基因(myxo-virus resistance gene)进化历程,结构与功能变异及筛选新的潜在抗性位点。根据GenBank中已报道的6种鸡形目(galliform)和雁形目(anseriform)禽类Mx基因编码序列,联配后进行最适核苷酸替代模型筛查,序列重组事件和核苷酸替换的饱和性检验;并采用最大似然法检测各位点承受的选择压力。AIC信息量准则检验结果表明6种鸡形目和雁形目禽类Mx基因的最优核苷酸替代模型为"GTR+G",核苷酸替换的饱和性检测结果表明序列的核苷酸替换并未饱和。单一断裂点(single break-point)和遗传算法扫描(GARD)在联配序列中发现两个断裂点,分别位于162bp和999bp处,将联配序列分为3个独立非重组部分。密码子置换模型的"位点特异模型"检测到禽类Mx基因编码序列承受了正选择作用,似然比检验(LRT)确定模型M2a和M8为正选择位点优先检测模型(P<0.05,P<0.01),分别在3部分非重组序列中检测到4个、1个和3个后验概率大于95%的正选择位点,正选择位点主要分布于禽类Mx蛋白特有的N-端结构域和Mx蛋白抗病毒作用所必须的三联GTP酶结合区,可能与Mx蛋白的抗病毒活性有关。

分类号： S852.2

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