基于全长转录组的蚕豆WRKY基因家族分析及耐盐胁迫相关候选基因挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周恩强

作者： 周恩强;周瑶;姚梦楠;王学军;赵娜;缪亚梅;王永强;薛冬;李波;汪凯华;顾春燕;魏利斌

作者机构：

关键词： WRKY基因;蚕豆;全长转录组;盐胁迫;进化分析

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2024 年 40 卷 001 期

页码： 14-30

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： WRKY基因是植物特有的转录因子基因,能够调控植物的生长发育和胁迫响应.为了鉴定蚕豆WRKY基因家族成员,揭示其进化关系并挖掘与盐胁迫相关的候选WRKY基因,本研究在完成蚕豆全长转录组测序(9 个样品)和二代转录组测序(27 个样品)的基础上,利用生物信息学方法对WRKY转录因子基因进行鉴定与分析,并通过拟南芥同源基因比对挖掘盐胁迫相关的候选VfWRKY基因.结果表明,蚕豆全长转录组测序共获得 53.84 Gb数据量,通过比对和校正最终获得58 885条转录本序列信息;基于蚕豆全长转录组共鉴定出 113 个WRKY家族成员,氨基酸数目为153~737 aa,等电点为4.84~9.87,113 个WRKY家族蛋白质全部定位于细胞核中;根据拟南芥WRKY家族系统发育特征,VfWRKY基因家族可分为 3 组,分别为group 1(38 个VfWRKY)、group 2(61 个VfWRKY)、group 3(14 个VfWRKY);Motif 1 和Motif 3 是VfWRKY基因家族的特征基序,并对应WRKY保守结构域,在进化过程中较为保守;VfWRKY基因家族主要富集在植物MAPK信号通路、植物与病原菌相互作用和剪接体 3 个通路中;通过同源比对,在蚕豆中发现 14 个盐胁迫相关候选WRKY基因,且主要在根中高表达.该研究结果为蚕豆的遗传学研究提供了丰富的参考数据,也为创制耐盐蚕豆新品种提供了基因信息.

分类号： S551+.4

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