甘蔗钙依赖蛋白激酶基因克隆与序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 曹辉庆

作者： 蒋胜理;黄诚梅;邓智年;吴凯朝;徐林;陆珍;陈丽君;李秋凤;魏源文

作者机构：

关键词： 甘蔗;钙依赖蛋白激酶基因(CDPK);克隆;序列分析;生物信息学预测

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2017 年 48 卷 04 期

页码： 574-580

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】克隆甘蔗钙依赖蛋白激酶基因(ScCDPK1),为其功能解析和育种利用打下基础。【方法】根据甘蔗cDNA文库中的CDPK基因序列信息设计引物,利用RT-PCR克隆ScCDPK1基因,并采用在线生物信息学分析软件对其推导蛋白的理化性质、跨膜结构、信号肽及保守结构域等进行预测分析。【结果】克隆获得的ScCDPK1基因完整编码区大小1650 bp,编码549个氨基酸,相对分子量61.971 kD,等电点(pI)6.78,不稳定指数35.63。同源性和遗传进化树分析结果显示,ScCDPK1基因与小麦TaCPK7基因亲缘关系最近,同源性达88%;ScCDPK1蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域(可变区、蛋白激酶区、自抑制区和钙离子结合区),其二级结构主要由α螺旋(42.80%)和无规则卷曲(32.97%)构成;蛋白功能分类预测结果显示,ScCDPK1蛋白是一种阳离子通道蛋白,可能参与植物胁迫应答、信号转导和翻译调控等生物反应。【结论】ScCDPK1基因编码的蛋白与其他已知CDPK蛋白一致,具有CDPKs家族特有的4个保守区域,是一种阳离子通道蛋白。

分类号： S566.1

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