半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)Sox基因家族生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 高进

作者： 高进;马佳璐;刘洋;邵长伟;贾晓东;陈松林

作者机构：

关键词： Sox基因;HMG结构域;半滑舌鳎;生物信息学

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2016 年 37 卷 02 期

页码： 41-48

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： Sox(SRY-related HMG-box)基因家族是在动物体内发现的一类编码转录因子的基因家族,广泛参与了动物生长发育、理化反应,特别是性别决定和分化等过程。本研究采用生物信息学方法,利用Sox基因高度保守的HMG-box区序列作为种子序列,检索半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)基因组注释的蛋白数据库,共鉴定分离出23个Sox基因。并在全基因组水平对半滑舌鳎Sox基因家族进行了保守结构域序列、进化、基因结构、染色体定位及基因表达模式的系统分析。结果显示,通过保守结构域分析发现了半滑舌鳎Sox基因家族除Cse Sox32外,皆存在一段9个氨基酸残基(RPMNAFMVW)的高度保守基序;结合保守结构域及进化分析,所有半滑舌鳎Sox基因被分为B1、B2、C、D、E、F和K共7个亚族,且不同的亚族在进化上存在种间趋同性和种内特异性;基因结构分析将半滑舌鳎Sox基因分为两大类,即单外显子类和多外显子类;而染色体定位分析则显示,Sox基因在染色体上散乱分布,不存在集簇现象;不同类型性腺及幼鱼变态前后的Sox基因家族表达谱显示,半滑舌鳎Sox基因具有不同的组织表达模式,表明其在性别分化、性腺发育及早期幼鱼发育过程中可能发挥了重要作用。本研究对于今后半滑舌鳎Sox基因家族深入的功能验证及分子作用机制研究具有重要的意义,也为日益丰富的水产基因组资源的挖掘利用提供了参考。

分类号： S917.4

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