羊口疮病毒F1L蛋白二级结构分析与表位预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王光祥

作者： 王光祥;尚佑军;吕占禄;张克山;田宏;刘湘涛

作者机构：

关键词： 羊口疮病毒;F1L基因;二级结构;细胞表位;预测

期刊名称： 中国人兽共患病学报

ISSN： 1002-2694

年卷期： 2012 年 28 卷 12 期

页码： 1185-1190

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的利用软件预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的二级结构和细胞表位。方法利用SOPMA服务器预测ORFV F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件单参数(二级结构、亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测结果为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的B细胞表位;运用神经网络+量化矩阵法(ANNs+QM法)预测ORFV F1L蛋白的CTL细胞表位;使用MHC-II类分子结合肽在线程序预测ORFV F1L蛋白的Th细胞表位。结果 ORFV F1L蛋白含有α-螺旋34.71%、β-片层18.82%、β-转角5.88%、无规则卷曲40.59%;没有信号肽,可能存在7个B细胞表位,2个CTL表位,3个Th细胞表位。结论该研究结果将为建立ORFV诊断方法、制备单克隆抗体及合成肽疫苗提供理论依据。

分类号： S852.65

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