虾虎鱼科(Gobiidae)基因组微卫星DNA的分布特征

文献类型： 中文期刊

第一作者： 白翠翠

作者： 白翠翠;柳淑芳;庄志猛

作者机构：

关键词： 虾虎鱼科;微卫星;基因组

期刊名称： 渔业科学进展

ISSN： 2095-9869

年卷期： 2016 年 37 卷 05 期

页码： 9-15

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解虾虎鱼科(Gobiidae)鱼类基因组遗传结构特征,本研究自主开发矛尾复虾虎鱼(Synechogobius hasta)微卫星序列153条,结合从Gen Bank中筛选出的虾虎鱼科微卫星序列535条,合计686条微卫星序列,隶属于19种虾虎鱼,序列总长度为295062 bp,包含473个微卫星位点,微卫星位点累计长度为33370 bp。统计微卫星重复类型,发现在所有微卫星重复类型中以二碱基重复出现次数最多,位点数为361个,占总微卫星的76.32%,其中,重复拷贝类别最多的是AC(340个),占全部微卫星的71.88%,占二碱基重复微卫星的94.18%,在二碱基重复类型中没有发现AT和GC两种重复类型。三碱基重复位点数为35个,占总微卫星的7.4%,其中以ACT重复拷贝类别最多(12个),占三碱基重复微卫星的34.29%。四碱基重复位点数为68个,其中以CTAT重复最多(31个),占总微卫星的14.38%。五碱基重复类型中只有TCTGG和ATCTA两种类型,只占全部微卫星的0.42%。六碱基重复7个,占总微卫星的1.48%,六碱基重复中各重复类型出现次数相当。在所有微卫星重复类型中没有发现单核苷酸重复类型。

分类号： S917.4

  • 相关文献

[1]中国明对虾基因组串联重复序列分析. 孔杰,高焕. 2005

[2]假眼小绿叶蝉微卫星位点的生物信息学分析. 李倩,陈学新,韩宝瑜. 2016

[3]454测序技术开发微卫星标记的研究进展. 程晓凤,黄福江,刘明典,汪登强. 2011

[4]三疣梭子蟹基因组微卫星特征分析. 宋来鹏,刘萍,李健,刘振辉. 2008

[5]中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析. 高焕,刘萍,孟宪红,王伟继,孔杰. 2004

[6]串联重复序列的物种差异及其生物功能. 高焕,孔杰. 2005

[7]基于高通量测序的虾夷扇贝基因组微卫星特征分析. 倪守胜,杨钰,柳淑芳,庄志猛. 2018

[8]黄鳍鲷基因组微卫星的分离. 夏军红,朱彩艳,苏天凤,江世贵. 2007

[9]漾濞槭全基因组微卫星分布特征. 史雯茜,马秋月,陈梓馨,李倩中,李淑娴,李淑顺,朱长虹,朱璐,颜坤元,杜一鸣. 2024

[10]基于线粒体COI基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类. 于亚男,宋超,侯俊利,王妤,庄平. 2014

[11]基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类. 吕杨,宋超,刘媛媛,赵峰,张涛,高宇,庄平. 2016

[12]兔病毒性出血症病毒基因组结构与功能研究进展. 刘光清,云涛,倪征,张玉颖. 2006

[13]西瓜基因组框架图绘制与果实品质基因挖掘. 张海英,林魁,张明方,张建国,张永兵. 2016

[14]CTAB法提取火龙果基因组DNA的试验研究. 韦茜,蔡永强,金吉芬,陶刚,朱英. 2008

[15]利用高通量测序分析侵染贵州火龙果的病毒. 郑乾明,王壮,彭志军,马玉华,蔡永强. 2017

[16]香蕉Ran家族基因的全基因组分析. 张雅玲,方智振,赖钟雄. 2015

[17]3株鸭肝炎病毒1型全基因序列分析. 杨维星,施少华,陈红梅,万春和,程龙飞,傅光华,林芳,林建生,苏敬良,黄瑜. 2010

[18]国际花生黄曲霉和基因组研讨会将在广东召开. 周桂元. 2006

[19]牛病毒性腹泻-黏膜病核酸疫苗的研究现状. 姜玲玲,周思旋,徐洪忠. 2015

[20]鸭圆环病毒基因组序列分析及其C1截短基因的原核表达. 施少华,陈珍,杨维星,傅光华,程龙飞,陈红梅,彭春香,黄瑜. 2009

作者其他论文 更多>>

微信小程序