A型塞内卡病毒感染PK-15细胞环状RNA表达谱分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈彦希

作者： 陈彦希;王晨;罗愿;周远成;徐志文;彭远义;宋振辉;刘骁

作者机构：

关键词： 环状RNA（circRNA）;A型塞内卡病毒（SVA）;高通量测序;PK-15细胞

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2023 年 001 期

页码： 280-289

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析A型塞内卡病毒（Seneca virus A,SVA）感染猪肾上皮细胞（PK-15）后环状RNA（circular RNA,circRNA）表达谱的变化，探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序，并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析，通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。【结果】转录组测序结果显示，SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中，87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调，74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明，SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示，SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路。对6种新发现的显著差异表达的circRNAs进行实时荧光定量PCR验证，结果显示，其表达水平与高通量测序结果趋势一致。【结论】本研究首次对SVA感染PK-15细胞的circRNAs表达谱进行差异分析，发现差异表达的circRNAs广泛参与动物机体大分子代谢、胞吞及细胞增殖、黏附、抗病毒过程，为进一步探究circRNAs在SVA感染过程中的分子机制提供了理论依据。

分类号： S858.28

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