基于RAD-seq简化基因组测序的青皮茄子遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘晓慧

作者： 刘晓慧;张爱冬;尚静;朱宗文;谭枫;王勇;姜俊;李烨;查丁石;吴雪霞

作者机构：

关键词： 青皮茄子;RAD-seq;遗传多样性;群体结构

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2022 年 20 卷 017 期

页码： 5692-5702

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了在基因组水平上揭示青皮茄子材料的遗传多样性,发掘重要种质特性基因,本研究采用RAD-seq测序鉴定了国内外49份青皮茄子材料的SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(π)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)等遗传统计量指标,分析其遗传多样性和群体结构,并通过选择信号检测鉴定受选择基因.结果表明,在49份青皮茄子材料中鉴定SNP标记77 431个,遗传聚类分析将49份青皮茄子材料分为4个群体,POP4和POP2的遗传多样性最为丰富,POP1的遗传多样性相对匮乏;POP4和POP2的近交系数Fis最高,并且群体结构分析结果显示最优分群数为4,类群之间存在相互交叉现象,说明每个类群间有很近的亲缘关系.通过选择信号分析,在49个青皮茄子群体中检测出10个区域受到选择作用,包含144个受选择基因.进一步对这些受选择基因进行了 GO富集分析,在分子功能(Molecular function)、细胞组份(Cellular component)和生物学过程(Biological process)均存在选择性富集.

分类号： S641.1

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