苏山猪和巴克夏猪全基因组ROH检测和选择信号分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 戴超辉

作者： 戴超辉;崔乐康;李辉;赵为民;付言峰;李碧侠;王学敏;廖超;陈彦羽;包文斌;程金花

作者机构：

关键词： 猪;ROH;CLR;iHS;选择信号

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 55 卷 012 期

页码： 5452-5463

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在明确苏山猪群体和巴克夏猪群体的遗传变异位点和多态信息，本研究首先对43个苏山猪样本和21个巴克夏猪样本进行DNA提取，然后利用“中芯一号”50K SNP芯片对DNA的SNP位点进行检测；使用Plink软件对SNP位点进行主成分分析；使用DetectRUNS软件包对样本进行全基因组ROH检测；选用3种方法（ROH、CLR和iHS）对选择信号进行分析。本研究总共鉴定到苏山猪42 282个SNPs位点和巴克夏猪27 718个SNPs位点。其中，苏山猪和巴克夏猪均被划分为3个家系。本研究在苏山猪中共检测到2 071个ROH片段，FROH平均值为0.096。巴克夏猪中共检测到1 853个ROH片段，FROH平均值为0.199。在苏山猪和巴克夏猪群体中分别检测到4个和40个高频ROH区域，分别注释到8个和103个基因，通过富集分析鉴定了50个显著的候选基因。另外，通过ROH、CLR和iHS共3种选择信号分析方法，对苏山猪和巴克夏猪的选择信号区域进行了鉴定，发现有42个基因可能受到选择。本研究初步揭示了苏山猪和巴克夏猪的基因组SNP图谱，并通过高频ROH分析和选择信号检测鉴定到一些可能影响猪的生长发育、肉质、营养和一般抗病力的基因，为苏山猪和巴克夏猪的选育利用提供了理论基础。

分类号： S828.2

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