绒毛状烟草和林烟草全长cDNA文库构建及EST序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙榕

作者： 孙榕;陈明丽;解敏敏;孙玉合;龚达平

作者机构：

关键词： 烟草;cDNA文库;EST;SNP;SSR

期刊名称： 中国烟草科学

ISSN： 1007-5119

年卷期： 2018 年 05 期

页码： 9-16

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 表达序列标签(EST)广泛应用于基因功能研究和分子标记开发。以普通烟草两个二倍体祖先种绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis, TT)和林烟草(Nicotiana sylvestris, SS)多个组织为试验材料,使用CloneMiner cDNA文库构建方法构建了均一化全长c DNA文库,测序并进行序列拼接、功能注释、进化分析和标记开发。绒毛状烟草和林烟草均一化全长c DNA文库容量分别为0.72×106和1.12×106pfu/mL,重组率分别约为94%和93%,插入片段平均长度为1.4kb。测序获得20 953条EST序列,拼接为10 504个unigenes。与普通烟草EST序列混合拼接,产生34 450条contigs,123 511条singletons,烟草异源四倍体中T和S基因与绒毛状烟草、林烟草之间的相似性远高于两个二倍体祖先种之间。预测获得104 915个编码序列,其中73 670个序列包含功能结构域,81%unigenes在番茄中具有同源基因。鉴定了11 869个微卫星位点(SSR)和25 209个单核苷酸多态性位点(SNP)。这些数据信息对于烟草基因功能研究和分子育种具有重要价值。

分类号： S572

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