小麦SBP基因家族生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吕亮杰

作者： 吕亮杰;陈希勇;胡梦芸;刘玉平;孙丽静;马乐;李辉

作者机构：

关键词： 小麦;SBP;生物信息学;进化树;表达谱

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2018 年 06 期

页码： 8-16

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： SBP基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,含79个氨基酸残基保守结构域,主要参与植物生长发育、生理生化过程。为进一步探讨小麦SBP基因家族的基因功能,通过比对小麦最新基因组数据,结合公布的Chinese Spring的基因组数据,采用生物信息学方法对其基因结构、染色体分布、蛋白保守结构域、系统进化树及表达谱进行分析。结果获得了50个SBP基因,命名为TaSBPs,根据染色体编号排列为TaSBP1～TaSBP50。结果表明,50个小麦TaSBP基因分布于除4B、4D染色体外的其余19条染色体上,编码192～1 104个氨基酸,基因外显子数量2～11个变化不等;串联重复和片段复制是小麦SBP家族基因扩张的主要模式; 7种作物SBP基因的系统进化树可分为4个类别,同一类之间的结构较为相似;小麦50个TaSBP基因家族含有10个motif,推测小麦TaSBP基因家族应都含有motif1、motif2、motif4。50个TaSBP基因都在13个组织器官中检测到转录本,不同组织器官中TaSBP基因的表达存在明显的差异。

分类号： S512.1

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