三倍体香蕉优良品种‘Grand Nain’全基因组变异挖掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 邵秀红

作者： 邵秀红;胡春华;盛鸥;毕方铖;邓贵明;杨乔松;易干军

作者机构：

关键词： 香蕉;全基因组重测序;单核苷酸多态;小片段插入缺失;结构变异;基因变异

期刊名称： 植物生理学报

ISSN： 2095-1108

年卷期： 2018 年 04 期

页码： 581-593

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为全面揭示香蕉(Musa spp.)优良品种的全基因组变异类型,本研究采用高通量重测序技术,对当前香蕉主栽品种‘Grand Nain’(AAA group,Cavendish subgroup)开展全基因组重测序,测序深度53.79 X。与野生香蕉‘DH-Pahang’参考基因组比对,共检测到4 598 633个单核苷酸多态位点(SNP),484 752个小片段插入缺失位点(Indel),57 047个结构变异(SV),共导致36 277个基因变异;代谢通路分析(KEGG)发现,植物激素信号转导途径相关基因的变异最多,存在442个基因变异,其中乙烯合成和信号转导途径中1-氨基环丙烷-1-羧酸氧化酶基因(ACO)、1-氨基环丙烷-1-羧酸合成酶基因(ACS)、EIN3/EILs、ERS、RAN、EBF、EIN2等基因都存在变异。特别是序列分析发现‘Grand Nain’中的Ma ACO1基因与参考基因组相比存在2个变异位点并导致氨基酸的突变,且在A和B基因组中MaACO1基因存在2个相邻的变异位点。本研究为香蕉贮藏保鲜等相关分子标记开发、基因功能研究,以及基于基因组编辑技术的香蕉遗传改良提供依据。

分类号： S668.1

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