基因Ⅵb亚型半番鸭源新城疫病毒基因组测序及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄秋芳

作者： 黄秋芳;孙敏华;陈少莺;吕殿红;董嘉文;尚毅;吴玄光;胡奇林

作者机构：

关键词： 新城疫病毒;Ⅵb亚型;基因组;序列测定;遗传分析

期刊名称： 华南农业大学学报

ISSN： 1001-411X

年卷期： 2012 年 33 卷 001 期

页码： 106-112

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 根据GenBank上发布的新城疫病毒基因组序列,设计了9对引物,对从福建福州地区发病半番鸭场分离的新城疫病毒FJ-SMD-03株进行了基因组cDNA扩增测序和分析.结果表明:FJ-SMD-03的基因组序列由15 192 nt组成,在NP基因非编码区比Lasota株多了6个核苷酸ACACTC;基因组由6个ORF组成,即3'-NP-P-M-F-HN-L-5'序列.BLAST结果显示:FJ-SMD-03基因组核苷酸与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008、pigeon/Italy/1166/00、AV324/96和dove/Italy/2736/00相似性最高,达94.9%~98.5%;与疫苗株Lasota、Mukteswar和B1的相似性最低,为80.7%~83.3%;与我国标准强毒株F48E8及2002年从福建番鸭中分离到的基因Ⅶd亚型强毒株Muscovy duck/China(Fujian)/FP1/02相似性较低,分别为82.5%和87.1%.F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特征,进化树分析发现,FJ-SMD-03属于ClassⅡ类基因Ⅵb亚型,证明鸭群中有Ⅵb亚型NDV强毒株;FJ-SMD-03株NDV与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00亲缘关系较近,与carrier-pigeon/Guangdong/2008形成一个小的进化分支,推测FJ-SMD-03株与carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00株来源于共同的祖代毒株,可能与鸽携带的病毒有关.

分类号： S855.3

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