菠菜转录组SSR位点分析及其分子标记的开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 潜宗伟

作者： 潜宗伟;陈海丽;崔彦玲

作者机构：

关键词： 菠菜;转录组;SSR;标记

期刊名称： 农业生物技术学报

ISSN： 1674-7968

年卷期： 2016 年 11 期

页码： 1688-1697

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记具有多态性高、重复性好、共显性等特点,已广泛用于蔬菜作物遗传育种研究中。本研究利用MISA软件对菠菜(Spinacia oleracea)转录组SSR位点信息进行分析,开发适用于菠菜的SSR分子标记,并对不同菠菜材料的遗传多样性进行分析。结果显示,在获得的44 796条基因簇(Unigene)中检测出2 045个SSR位点,检测出2 045个SSR位点,分布在1 940条Unigene上,发生频率为4.33%,平均距离为19.81 kb。菠菜SSR中以单、三、四核苷酸重复为主,分别占总SSR的19%、65%和7%,重复长度主要为18~24 bp,占菠菜总SSR的93.55%,以重复次数6次和7次为主,分别占菠菜总SSR的31.42%和31.05%。菠菜转录组中单核苷酸重复类型为A/T,二核苷酸重复主要为GA/TC和AG/CT,三核苷酸重复主要以CAA/TTG、GTT/AAC、GAA/TTC、TGT/ACA和GAT/ATC为主。本研究共设计了2 199对SSR特异位点引物,随机挑选218对引物对9个不同类型的菠菜材料进行扩增检测,其中38对表现出多态性。利用UPGMA做图进行聚类分析,9份菠菜材料聚为3类。本研究通过对菠菜转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发,获得了多态性较为丰富的SSR位点,为菠菜遗传多样性的分析、遗传图谱的构建及分子标记辅助育种提供了基础资料。

分类号： S636.1

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