镉胁迫下桑树幼苗的转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王晓红

作者： 王晓红;韩世玉;孙运朋;张芳;罗泽虎;陈彪

作者机构：

关键词： 桑树;镉胁迫;转录组;生物信息;基因表达

期刊名称： 中国农学通报

ISSN： 1000-6850

年卷期： 2023 年 39 卷 013 期

页码： 25-34

收录情况： CSCD

摘要： 为研究桑树幼苗对重金属镉胁迫应答的分子机制,挖掘与镉胁迫相关的功能基因,利用Illumina HiSeq测序方法对正常和CdCl2胁迫条件下的桑树幼苗进行转录组学研究.基于从头转录组组装,从镉胁迫下的桑树幼苗中分离到39758个非冗余转录本.这些转录本的平均长度和N50分别为1135、1968bp,平均GC含量为41.72%.从不同的镉胁迫时期鉴定得到15882个差异表达基因.KEGG途径富集分析表明,这些差异表达基因分别主要参与光合作用、次生代谢和能量代谢相关途径.此外,36个转录因子家族的148个转录因子在不同镉胁迫时期存在差异表达,包括bHLH、MYB、B3、NAC、MYB-related等.qRT-PCR显示差异表达基因的表达谱与RNA-Seq分析结果一致.研究结果可为了解桑树对镉的耐受机制提供依据.

分类号： S888.2

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