山羊副流感病毒3型感染MDBK细胞的转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 钟纯燕

作者： 钟纯燕;李基棕;毛立;李文良;郝飞;孙敏;刘茂军;主性;嵇辛勤;肖芳;杨蕾蕾;张纹纹

作者机构：

关键词： 山羊副流感病毒3型;MDBK细胞;高通量测序;转录组

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 364-372

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究旨在探究山羊副流感病毒3型(CPIV3)感染MDBK细胞后的转录组基因变化情况,丰富CPIV3转录组信息。取1MOI CPIV3JSHA2014-1病毒液感染MDBK细胞,设非感染正常细胞为对照,于24h后收获细胞,提取总RNA,利用Illumina HiSeqTM2500对感染组与对照组进行高通量测序,并用测序评估、基因注释等生物信息学方法进行分析。结果显示,差异表达基因共261个,其中表达上调140个,表达下调121个,经RT-qPCR方法验证8个差异表达的干扰素信号通路相关基因,结果与高通量测序一致。进一步GO分类结果显示,差异表达基因主要涉及细胞生物学进程、构成细胞的组分以及实现的分子功能三个方面,KEGG分析显示这些基因参与代谢、生物系统、细胞进程、基因信息进程和环境信息进程。本研究为深入探究CPIV3的致病机制奠定了基础。

分类号： S852.654

  • 相关文献

[1]山羊副流感病毒3型感染MDBK细胞的miRNA表达谱变化分析. 李基棕,李文良,毛立,郝飞,杨蕾蕾,张纹纹,江杰元. 2017

[2]MiR-222对山羊副流感病毒3型复制的影响. 钟纯燕,李基棕,毛立,李文良,郝飞,孙敏,刘茂军,主性,嵇辛勤,肖芳,杨蕾蕾,张纹纹. 2018

[3]基于新一代测序技术的昆虫转录组学研究进展. 张棋麟,袁明龙. 2013

[4]基于高通量测序的山羊卵巢基质、卵泡转录组分析. 陆婷婷,邹娴,杨镇玮,雷放,陈奕业,柳广斌,孙宝丽,刘德武,李耀坤. 2020

[5]红白锦鲤皮肤转录组测序分析. 史东杰,胡金有,王赛赛,朱华,张欣,朱莉飞,孙砚胜. 2019

[6]基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析. 唐培安,陶冶心,薛昊,袁明龙. 2017

[7]基于高通量测序的麦红吸浆虫转录组分析. 蒋月丽,李彤,武予清,苗进,巩中军,段云,刘启航. 2020

[8]贵紫麦1号籽粒色素形成相关基因的差异表达. 徐熙,任明见,李鲁华,杨喜翠,徐如宏. 2018

[9]基于高通量测序的菟丝子生防菌"鲁保一号"转录组学研究. 李健,李美,高兴祥,房锋. 2021

[10]中泰南五味子转录组测序及生物信息学分析. 李静宇,徐友阳,蔡时可,王继华. 2022

[11]基于高通量测序的野生毛葡萄转录组SSR信息分析. 蒋胜理,曲俊杰,周思泓,潘凤英. 2017

[12]黄野螟化学感受基因的鉴定与分析. 李资聪,刘磊,杨斌,严善春,王桂荣. 2021

[13]鱼类转录组学研究概况. 段晓晨,程起群. 2021

[14]基于高通量测序技术的敖鲁古雅驯鹿鹿茸转录组分析. 鞠妍,刘华淼,何金明,王磊,赵佩,张然然,董依萌,董世武,唐丽昕,邢秀梅. 2020

[15]镉胁迫下西瓜的转录组测序分析. 王志伟,李涵,邹甜,孙波,孙小武. 2018

[16]基于高通量测序的海滨雀稗转录组学研究. 贾新平,叶晓青,梁丽建,邓衍明,孙晓波,佘建明. 2014

[17]基于Illumina高通量测序的岩原鲤转录组分析. 龚全,刘亚,赖见生,陈叶雨,杜军. 2016

[18]基于高通量测序技术分析麝香草酚处理禾谷镰孢菌后转录组学的变化. 高弢,史建荣. 2017

[19]传统中草药高通量测序技术RNA-seq及lncRNA挖掘的应用策略. 白晶,李力恒,孙尧,扈韵绮,付博. 2014

[20]遮光性套袋对桃果实转录组的影响. 何平,李林光,王海波,常源升,李慧峰. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序