小粒咖啡铁皮卡叶绿体基因组密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李亚麒

作者： 李亚麒;黄家雄;娄予强;付兴飞;王健敏;李亚男;吕玉兰;李贵平;程金焕

作者机构：

关键词： 小粒咖啡;铁皮卡;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子

期刊名称： 西北林学院学报

ISSN： 1001-7461

年卷期： 2023 年 002 期

页码： 92-99

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解铁皮卡叶绿体基因组密码子的使用特征及其成因，以筛选的52条蛋白编码序列为研究对象，利用CodonW和CUSP在线软件对其密码子使用特征进行系统分析。结果表明，基因组各位置的GC含量GC1、GC2、GC3分别为47.47%、39.52%、27.92%,30个高频密码子中，以U结尾占比53.33%,以A结尾占比43.33%,以G结尾占比3.33%,说明铁皮卡叶绿体基因偏好使用NNA和NNU型密码子，尤其偏好使用NNU型密码子。有效密码子数（ENC）、密码子适应指数（CAI）、最优密码子频率（Fop）分别为46.85、0.167、0.352,均揭示该基因组的密码子偏性较弱。中性绘图、ENC-plot、PR2-plot以及对应分析揭示密码子的偏好性受到选择及其他因素共同作用，最终确定了AUU、GUU和UCU等20个最优密码子。表明铁皮卡叶绿体基因组密码子的偏性较弱，偏好AU结尾的密码子。密码子的使用偏好性受到突变及选择等多种作用共同影响。

分类号： S571.2

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