利用可变窗口F_(ST)方法检测不同尾型呼伦贝尔羊尾部脂肪沉积相关基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张统雨

作者： 张统雨;樊红樱;朱才业;刘家鑫;邓天宇;杜立新;王立贤;赵福平

作者机构：

关键词： 群体分化指数;可变窗口;呼伦贝尔羊;尾型;脂肪沉积

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2018 年 07 期

页码： 1354-1365

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在挖掘控制绵羊尾型的候选基因,揭示绵羊尾部脂肪沉积机理。本研究利用呼伦贝尔羊两个不同尾型品系的288个个体,其中大尾羊142只和小尾羊146只,基于Illumina Ovine SNP 600KSNP芯片数据计算全基因组单点F_(ST)值。通过三次光滑样条估计方法确定可变窗口大小和数量,构建W统计量并进行统计检验,鉴定选择区段和注释相关基因。结果,在基因组范围内共确定了23 144个可变窗口,其中区间最大的窗口位于chr12:35 241 750~43 798 950bp处,其大小为8.56 Mb,并包含775个SNPs。经检测发现,27个窗口达到极显著水平(P<0.001),并鉴定了337个候选基因,其中22个是与已发现的脂肪代谢相关的基因。通过GO分析发现,这些候选基因主要富集在细胞内组成成分、有机氮化合物代谢过程以及小分子代谢过程等条目。通过可变窗口F_(ST)法能够有效检测到受选择的基因与绵羊尾部脂肪沉积相关。这些基因可以作为绵羊尾型选育的候选基因,为培育短尾绵羊提供重要依据。

分类号： S826.2

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