牛MED28基因编码区克隆、生物信息学分析及组织表达谱研究

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李晋男

作者： 李晋男;王亚慧;邓天宇;梁忙;杜丽丽;李柯安宁;薛青青;骞里;高雪;张路培;朱波;陈燕;王泽昭;李俊雅;高会江

作者机构：

关键词： 牛;MED28基因;克隆;生物信息学

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2024 年 008 期

页码： 3225-3236

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】克隆牛介体复合物亚单位28(mediator complex subunit 28,MED28)基因CDS区，预测MED28蛋白的结构功能，并分析MED28基因在牛各组织中的表达水平，为后续研究MED28基因的功能奠定基础。【方法】以牛成肌细胞RNA反转录的cDNA为模板，利用PCR方法扩增并克隆牛MED28基因CDS区。运用MegAlign、Mega 11.0软件进行MED28蛋白的相似性比对和系统进化树构建，利用ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、MEME、STRING等在线软件分析MED28蛋白的理化性质及结构功能，并通过实时荧光定量PCR检测MED28基因在牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、小肠、肌肉组织中的表达量。【结果】试验成功克隆MED28基因CDS区，长度为537 bp,编码178个氨基酸。相似性比对结果表明，牛MED28蛋白与山羊、绵羊的相似性最高；系统进化树显示，牛与山羊、绵羊的遗传距离最近，与鸡的遗传距离最远。MED28蛋白属于不稳定的亲水性蛋白，无跨膜区和信号肽，主要在细胞外发挥作用，含有2个N-糖基化位点和21个磷酸化位点。MED28蛋白二级结构由α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲组成，其中α-螺旋占比最大，蛋白结构稳定，与三级结构预测结果一致。蛋白互作网络分析表明，MED28蛋白与其家族的多种蛋白之间存在互作，且主要在转录途径和甲状腺信号通路中发挥作用。MEME预测结果表明，MED28蛋白的保守基序在牛、人、猪、小鼠、马、兔、山羊、绵羊之间是相同的；MED28蛋白结构域有低复杂度和卷曲螺旋序列。实时荧光定量PCR结果表明，MED28基因在牛肌肉组织中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。【结论】牛和羊的亲缘关系最近、蛋白相似性高。MED28蛋白亲水且结构稳定，存在N-糖基化位点和磷酸化位点，无跨膜区和信号肽，主要分布在细胞外，并参与转录途径和甲状腺信号通路。MED28基因在牛肌肉组织中高表达。以上结果可为进一步研究牛MED28基因的功能提供参考。

分类号： S823.2

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