甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 贾赵东

作者： 贾赵东;马佩勇;郭小丁;谢一芝

作者机构：

关键词： 三浅裂野牵牛;生物信息学;EST;SSR

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2012 年 27 卷 S1 期

页码： 27-32

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43%,TAA/TTA为8.57%列第3位。在所有的SSR中,EST-SSRs重复次数5次的有13个,占全部SSR的37.14%,其次是重复次数为4次和7次,各有5个,占全部SSR的14.29%。结果说明,甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛的EST-SSR出现频率较高、类型丰富、具有一定的研究利用价值。

分类号： S531

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